В 2000 году в Первенство ЛФЛ (Любительская Футбольная Лига) Группу «Б» подала заявку на участие футбольная команда из Лобни под названием "Алла-Л". Этот год и является датой основания клуба. По итогам дебютного сезона команда заняла 2 место, набрав 57 очков и перешла в группу «А» вместе с ДЮШС "Химки" (которые сейчас играют в Премьер лиге) занявшими первое место. Сезон 2001 "Алла-Л" закончила на достойном 5ом месте набрав 47 очков. Лучшим бомбардиром команды того года стал Андрей Мещанинов, забив 13 голов. В сезоне 2002 лобненцы стали чемпионами любительской лиги, но по финансовым проблемам клуб предпочёл остаться в ЛФЛ. В следующем 2003 году команда, проиграв всего одну игру за сезон, повторила свой успех и приобрела статус профессионального футбольного клуба. С приобретением нового статуса изменилось и название, с 2004 года команда называется "Лобня-Алла". В сезоне04 команда выступала во Втором дивизионе Зона «Центр» с такими именитыми клубами, как "Авангард" Курск и "Факел" Воронеж. Дебютный чемпионат в ранге профессионального клуба Лобня закончила на 4 месте. В Кубке России 04-05 "Лобня-Алла" дошла до 1/64, выбив из розыгрыша "Обнинск", "Локомотив" из Калуги и Подольский "Витязь"! Во всех трех кубковых встречах с «Витязем» «Лобня-Алла» выбивала подольчан из розыгрыша данного турнира, два раза на стадии 1/128 финала (2004г., 2007г.) и один - в 1/256 финала в 2006 году. Успешно команда начала и следующий сезон, но в июле 2005 года контрольно- дисциплинарный комитет РФС, рассмотрев материалы по делу о неправомерно полученном российском паспорте игроком «Лобни-Аллы» Сергеем Улезло (купленным, к слову, все у того же подольского "Витязя"), решил засчитать подмосковной команде технические поражения со счетом 0:3 в восьми матчах. Кроме того, «Лобня-Алла» была оштрафована на 50 тысяч рублей. Таким образом, лобненцы лишились набранных в этих матчах 24 очков и откатилась с 4-го места в зоне «Центр» на предпоследнее, 17-ое. В итоге команде удалось сохранить место во втором дивизионе, финишировав на 13-м месте. В кубке России вновь остановились на 1/64 финала. В сезоне 2006 года "Лобня-Алла" набрала 62 очка, финишировав на рекордном для себя 3 месте. В клубе играли такие известные футболисты как Сметанин Андрей, Вековищев Игорь, Евсеев Михаил и другие. 4 Марта 2006 года "Лобня-Алла" одержав победу над ФК «ЗиО-Подольск» 2:0 завоевывает кубок памяти В.И. Гуляева и удержит его у себя до 2008 года. 21 Июня 2006 года Лобня встречалась с брянским "Динамо". Это был самый важный матч в пока еще короткой биографии лобненского клуба. Наша команда впервые пробилась в 1/32 финала Кубка России, где опять же впервые ее в официальной встрече экзаменовал коллектив первого дивизиона. А в случае успеха в этой игре в Лобню пожаловал бы представитель отечественной футбольной элиты – ярославский «Шинник», но в этом матче Динамовцы оказались сильней (0:1). В 2007 году, обыграв ФК "Зоркий" из Красногорска и "Витязь", Лобня 18 мая в 1/64 кубка России встретилась в домашнем матче с ФК "Луховицы" из одноимённого города. К концу основного времени матча на табло было 2:2. По результатам серии пенальти (6:7) вперёд вышли Луховицы. Но в тот день произошёл довольно неприятный инцидент - после завершения матча на помощников главного судьи Дениса Шпилева и Максима Иванова было оказано физическое воздействие со стороны болельщиков. За непринятие необходимых мер и необеспечение безопасности судей КДК дисквалифицировал стадион "Москвич" на 10 официальных матчей и оштрафовал ФК "Лобня-Алла" на 10 тысяч рублей. За грубое нарушение требований и условий проведения соревнований, за невыполнение обязанностей, установленных Регламентом, КДК дисквалифицировал на пять матчей и оштрафовал на 10 тысяч рублей главного тренера ФК "Лобня-Алла" Александра Логунова. Председателю попечительского совета ФК "Лобня-Алла" Игорю Бардину и директору клуба Людмиле Тарасовой вынесены предупреждения. На время дисквалификации стадиона "Москвич" клуб переехал в Химки и принимал 10 домашних матчей на стадионе "Новые Химки". Сезон Лобня завершила на 7 месте. 2008 год начался с ряда серьёзных трудностей. Был полностью расформирован штат клуба, с уходом спонсора возникли и финансовые проблемы. Футбольный клуб "Лобня-Алла" отказался от участия в соревнованиях ПФЛ и был исключён из числа её членов. Был распущен первый состав команды. Но неунывающий, ныне главный тренер Двоеглазов Валерий Евгениевич с поддержкой верных болельщиков, собрал боеспособный коллектив, для Первенства ЛФК, группа «А» Подмосковье. В клубе играют местные воспитанники и экс игроки ФК «Лобня-Алла-2» и «Лобня-Алла». С 2008 года команда называется ФК "Лобня".