В 70-х годах за «Чкаловец» играли такие футболисты, как нынешний тренер "Локомотива" Юрий Семин и перешедший затем в московский "Спартак" Александр Калашников.
В 1984 году команду исключили из числа участников второй лиги СССР за «низкие спортивные результаты».
Возрождение «Чкаловца» состоялось в 1987 году под руководством Валерия Ерковича.
«Чкаловец» впервые попал в восточную зону Первой лиги в 1992 году.
В 1994 году опытный тренер Леонид Шевченко вывел «Чкаловец» в Первую лигу российского футбола, где на следующий год команда наделала немало шума, заняв в год дебюта 11-е место при 22 участвующих командах. В составе «авиастроителей» (футбольный клуб получил название из-за связи с авиастроительным заводом им. Чкалова) блистали Сергей Галкин (14 забитых мячей), Платон Кривощеков, Олег Никулин, Дмитрий Злобин и Муртаз Начкебия.
Однако уже в сезоне 1996 года «Чкаловец» вылетел во второй дивизион зоны «Восток», где и пребывал до 2004 года.
В сезоне 2000 года «авиастроители» вообще не имели профессионального статуса и выступали в КФК.
Выиграв в 2004 г. первенство России среди команд восточной зоны второго дивизиона, «Чкаловец-1936» вернулся в первый дивизион.
Сезон 2005 года «Чкаловец» начал неудачно, в связи с чем последовала отставка тренера Владимира Пузанова с поста и приглашение на его должность Анатолия Давыдова, которому удалось занять с командой итоговое 10-е место. По окончании сезона учредители клуба, несмотря на протесты болельщиков, сменили название на «Сибирь».
В 2006 году на посту главного тренера Анатолия Давыдова сменил Дмитрий Радюкин, а клуб по результатам сезона занял седьмое место и пробился в 1/8 финала Кубка России.
Перед началом сезона 2007 года главным тренером команды был официально заявлен Владимир Файзулин, а фактический главный тренер Дмитрий Радюкин, не имеющий лицензии, позволяющей тренировать команды первого дивизиона, значился в заявке как начальник команды. Мэр Новосибирска Владимир Городецкий поставил задачу занять в предстоящем сезоне место не ниже третьего. После того, как в первых десяти матчах первенства «Сибирь» одержала лишь три победы, руководство клуба совершило «рокировку» в тренерском штабе и привело фактическое положение вещей в соответствие с официальной заявкой. Под руководством Владимира Файзулина новосибирцы поправили свое турнирное положение и завершили первый круг, а затем и весь сезон, на третьем месте, до последнего тура сохраняя шансы на выход в Премьер-лигу.
В июне 2008 года главным тренером клуба стал Сергей Оборин. Под его руководством «Сибирь» не смогла добиться успехов в Первом дивизионе: после прихода нового тренера 10 матчей подряд команда не одержать победу. Взяв 3 очка у лидера первенства — «Ростова», — до конца чемпионата команда продолжала показывать слабую игру, завершив сезон на 14-м месте, в одном очке от зоны вылета во Второй дивизион.
В то же время в Кубке России 2008/09 «Сибири» под руководством Оборина удалось обыграть такие команды как Зенит (на тот момент действующий Чемпион России) и Крылья Советов, впервые за свою историю дойдя до четвертьфинала турнира. В межсезонье руководством клуба было принято решение сменить тренера. 12 декабря Сергей Оборин разорвал контракт с клубом, а 20 декабря был подписан контракт с Игорем Криушенко.
В Кубке России 2008/09 «Сибирь» проиграла действующему на тот момент чемпиону — казанскому «Рубину», однако в Кубке России 2009/10 «Сибирь» вновь достигла четвертьфинала, где весной 2010 года ей предстоит встретиться с командой «Луч-Энергия». На протяжении сезона 2009 команда вела борьбу за попадание в Премьер-лигу и в последнем туре чемпионата завоевала повышение в классе, победив на нейтральном поле в Екатеринбурге ФК «Чита». 7 ноября с Игорем Криушенко был подписан контракт сроком на два года.