Клуб образован в 1957 году на базе «Иркутскгэсстроя». В чемпионатах СССР и России команда выступала под названиями «Энергия», «Ангара», «Машиностроитель», «Аэрофлот», «Авиатор». «Звезда» — с 1976 года. Домашние матчи проводит на стадионе «Труд». В последние годы местом проведения домашних встреч являлись также стадионы им. 25-летия Октября (Улан-Удэ), «Химик» (Усолье-Сибирское), «Зенит» (Иркутск). С сезона 2007 команда проводит домашние матчи на стадионе «Локомотив» (ул. Боткина).
В 1992—1996 годах команда выступала в первой лиге России. Особо удачным признается сезон 1995 года, когда «Звезда» за счёт отлично проведенной второй половины чемпионата сумела финишировать на 4-й позиции, что является лучшим достижением в истории команды. Только три очка отделили иркутян от вышедшего в высшую лигу «Зенита» (Санкт-Петербург). К слову, в Иркутске «Звезда» обыграла зенитовцев со счётом 2:0.
К сожалению, на следующий год «Звезда» утратила свои ведущие позиции в сибирском футболе и выбыла во вторую лигу. После этого практически во всех турнирах второй лиги «Звезда» называлась в числе основных претендентов на повышение в классе, но ни разу не сумела финишировать выше третьего места. Тем не менее, следует отметить, что в это время команда в Иркутске и в самом деле была добротной. В 2004 году, несмотря на итоговое 4-е место, сразу четверо иркутян были признаны лучшими футболистами зоны «Восток». В последние годы наметился прогресс и в подготовке резерва. В 2004 году сразу трое иркутян 1987 года рождения стали чемпионами России для своего возраста в составе сборной Сибири — Владимир Гранат, Алексей Ющук, Дмитрий Пытлев. В сезоне 2005 сразу трое иркутян — Владимир Гранат, Максим Зюзин и Андрей Ещенко были приглашены в состав олимпийской сборной России. Все трое перебрались в клубы премьер-лиги и первого дивизиона, а Ещенко и Гранат играли в молодежной сборной России.
В сезоне-2006 «Звезда» отменно провела всю турнирную дистанцию в дивизионе «Восток» и досрочно, за три тура до финиша, завоевала первое место и путевку в первый дивизион. А по окончании сезона команда стала также обладателем Кубка ПФЛ, и «Звезде» было присвоено звание «Абсолютный победитель первенства России среди команд второго дивизиона». Первый сезон в новом турнире команде удался — она финишировала на 11-м месте, удачно играла с лидерами, победив победителя первенства, «Шинник» (Ярославль), на его поле и обыграв в Иркутске «Терек» (Грозный). Зимой состав команды снова серьезно обновился, а трое футболистов перебрались в клубы премьер-лиги: Николай Жиляев перешел в пермский «Амкар», а Денис Глушаков и Никита Денисов вернулись из аренды в «Локомотив». На тренерский пост де-юре был возвращен Сергей Муратов, долго работавший с командой в 80-х и 90-х и под руководством которого сибиряки заняли рекордное для себя 4-е место в первой лиге.
Упадок (2008)
Сезон 2008 года для футбольного клуба «Звезда» стал самым сложным в его истории. Неприятности начались еще в январе, когда главный тренер команды Фаиль Миргалимов не смог сдать экзамены на категорию "А" и лишился права руководить командой первого дивизиона. 19 января новым наставником команды был назначен известный футбольный специалист Александр Ивченко, который приступил к работе и вылетел в Турцию, где «Звезда» уже проводила первые сборы. Но, через четыре дня, безо всякого объяснения причин, Ивченко был уволен со своего поста. Главным тренером был назначен Сергей Муратов, но он исполнял роль свадебного генерала, а фактическое руководство командой по-прежнему принадлежало Миргалимову.
Череда странных решений учредителей футбольного клуба в лице Министерства спорта Иркутской области, а также руководителей команды продолжилась и в течение сезона, что привело к печальному, но закономерному финалу.
27 августа 2008 года Иркутск потрясла новость о смерти на 61-м году жизни тренера Сергея Алексеевича Муратова. Более 20 лет он работал на посту главного тренера «Звезды», и под его руководством команда провела более 600 матчей.
Беда не приходит одна. В матче с «Уралом» Свердловская область «Звезда» осталась без вратарей - Илья Горшков неудачно упал и сломал руку, а другие вратари уже были отпущены руководством клуба свободными агентами в обмен на отказ от финансовых претензий). Черным днем стало 11 сентября 2008 года. На совещании, состоявшемся в администрации Иркутской области, было принято решение о начале процесса ликвидации государственного автономного учреждения «Футбольный клуб „Звезда“ Иркутск». Главной причиной решения стала «невозможность функционирования профессионального футбольного клуба в рамках государственного учреждения». Но это решение было принято только на словах. Никаких документов о том, что «Звезда» снимается с первенства в ПФЛ предоставлено не было. Долгое время не был подписан и приказ о ликвидации. Команда продолжила участие в турнире первого дивизиона, хоть и уже тогда утратила возможность сохранить место в нём на будущий год. При этом руководители и учредители команды фактически от нее отказались, отстранившись от решения всех вопросов жизнедеятельности «Звезды». Более того, генеральный директор клуба Юрий Жаркой пытался запретить (правда, безуспешно) само проведение матчей команды. Только за счет работы спортивного директора клуба Александра Ковалева команда смогла провести осенние матчи.
2 октября КДК РФС в связи с неявкой Звезды на календарный матч со «СКА-Энергией» (Хабаровск) засчитал ФК «Звезда» техническое поражение – 0:3, а 18 октября снял с клуба 6 очков за нарушение срока оплаты задолженности перед московским «Локомотивом» за переход на условиях "аренды" Семена Фомина. Не только иркутские болельщики пытались поддержать «Звезду». О своей поддержке заявил совет ПФЛ, руководству клуба направили свои письма с протестом против ликвидации клуба болельщики новороссийского «Черноморца» и краснодарской «Кубани». Но напрасно - 22 октября клуб заявил, что не сможет прибыть во Владикавказ и Пятигорск на матчи с «Аланией» и «Машуком-КМВ» соответственно. А 28 октября уредителями был зачитан приказ о начале процедуры ликвидации ОГАУ ПФК «Звезда».
К концу 2008 году перед тренерами, футболистами и работниками «Звезды» имеется задолженность по заработной плате за пять месяцев, а также по премиальным и другим выплатам еще с первого круга.
Решением Совета Профессиональной футбольной лиги от 27.11.2008 Футбольный клуб «Звезда» (Иркутск) исключен из членов (участников) ПФЛ.