Футбольный клуб «Тосно» был зарегистрирован в конце 2008 года Леонидом Хоменко, директором клуба «Эра», представлявшего тосненский завод «Эра-Henkel» в первенстве Ленинградской области. В 2009 году произошло объединение с другим любительским клубом — «Руан», под этим названием команда выступала до 2013 года в чемпионате Ленинградской области.

Решение о создании профессионального клуба было принято в марте 2013 года при поддержке холдинговой компании «Fort Group», являющейся генеральным спонсором, и Региональной общественной организации «Футбольный клуб „Тосно“». Клуб представляет Ленинградскую область. В свой первый сезон клуб был заявлен в зону «Запад» первенства ПФЛ. Домашние матчи проводит на стадионе «Кировец» города Тихвина из-за несоответствия городского стадиона Тосно условиям ПФЛ. Несколько домашних матчей было проведено на МСА «Петровский» (Санкт-Петербург).

Первый матч в истории клуба — 21 июня 2013 года: СДЮШОР «Зенит» - «Тосно» — 1:3. Первый официальный матч был сыгран 10 июля — в 1/256 финала Кубка России был обыгран ФК «Вологда». Первое поражение клуб потерпел 27 октября в своей 23-й игре, не проиграв до этого 18 матчей в первенстве и 4 в Кубке России. На следующий день контракт с главным тренером Виктором Демидовым был расторгнут. В оставшихся в 2013 году матчах командой руководил тренер вратарей Кирилл Гашичев.

На февральских сборах 2014 года командой руководил украинский специалист Олег Лещинский, а 4 марта он официально стал главным тренером команды. 12 марта в 1/8 финала Кубка России 2013/14 «Тосно» сенсационно выбил из турнира московский «Спартак», обыграв его в гостевом матче благодаря единственному голу, забитому на 114-й минуте Валентином Филатовым. Этот случай стал лишь четвёртым в истории Кубка России, когда клуб третьего по силе дивизиона вышел в 1/4 соревнования. На следующей стадии 26 марта в гостевом матче «Тосно» проиграл «Краснодару» 0:3.

15 мая Лещинский был уволен из-за конфликта с игроками. Исполняющим обязанности главного тренера стал начальник команды Вячеслав Матюшенко. 27 мая, обыграв за два тура до конца первенства главного соперника ивановский «Текстильщик» 1:0, клуб обеспечил себе первое место в зоне «Запад» и завоевал право играть в ФНЛ в следующем сезоне.

Перед сезоном 2014/15 был подписан контракт с новым главным тренером болгарином Николаем Костовым. В первых четырёх матчах командой руководил Кирилл Гашичев; Костов был внесён в заявку 30 июля. С самого начала первенства «Тосно» заняло место в верхней части таблицы, в 8—12 турах возглавляя её, но первый круг завершило на пятом месте, отставая от лидера «Анжи» на 5 очков. 5 ноября контракт с Костовым был расторгнут по соглашению сторон. 2014 год клуб под руководством исполняющего обязанности главного тренера Кирилла Гашичева завершил четырьмя победами и занимал третье место в первенстве.

В ноябре 2014 было объявлено, что к началу сезона-2015/16 клуб планирует построить собственный десятитысячный стадион в Тосно. 4 декабря был подписан двухлетний контракт с бывшим главным тренером клуба «Луч-Энергия» Александром Григоряном. В феврале 2015 клуб занял последнее, 16 место на Кубке ФНЛ в Турции, а 28 февраля Григорян был отправлен в отставку по соглашению сторон по семейным обстоятельствам. Исполняющим обязанности главного тренера был назначен Евгений Перевертайло.