Официальный день рождения — 11 августа 1997 года. ФК «Курбатово», защищающий честь одноименного поселка Нижнедевицкого района Воронежской области, провел первый официальный матч. За свою недолгую историю клуб несколько раз менял название, что было продиктовано сменой спонсоров, — «Курбатово» (1997-2007, 2010), «Центр-ГАЗ-Курбатово» (2008), «Янтарь-Курбатово» (2009), «Выбор-Курбатово» (с 2011 года).
Поначалу коллектив выступал в соревнованиях местного значения. Дружина, которую в качестве играющего тренера возглавлял нынешний генеральный директор клуба Валерий Анохин, сразу же вошла в число главных фаворитов чемпионата Нижнедевицкого района — первая победа в этом турнире была одержана уже в сезоне-1998.
Следующей ступенькой в развитии команды стало участием в первенстве Воронежского областного спортивного клуба профсоюзов памяти Героя СССР И.Е.Просяного среди сельских команд. В этих соревнованиях ФК «Курбатово» добился лучшего результата в истории в сезоне-2008, завоевав чемпионский титул.
Начиная с 2004 года, дружина из Нижнедевицкого района является постоянным участником первенства и чемпионата Воронежской области. В этих соревнованиях курбатовцам тоже удалось покорить высшую ступень пьедестала. В сезоне-2012 команда выиграла «серебро», а на следующий год улучшила свой результат, выиграв комплект золотых медалей. «Выбор-Курбатово» является действующим обладателем Кубка Воронежский области — этот почетный трофей коллектив завоевывал в двух последних розыгрышах (2012, 2013). В сезоне-2012 коллектив решил попробовать свои силы на новом уровне, приняв участие в розыгрыше Кубка МОА «Черноземье». В 1/8 финала этих соревнований клуб из Воронежской области по сумме двух матчей выбил из борьбы за почетный трофей белгородский «Салют-М», но на следующей стадии сошел с дистанции, дважды уступив новомосковскому «Химику».
Летом 2013 года «Выбор-Курбатово» оказался в числе участников первенства России среди команд третьего дивизиона. Дебютанту соревнований сходу удалось покорить новую высоту — наша команда, не проиграв ни одного матча, завоевала золотые медали, опередив в напряженной борьбе за чемпионство новомосковский «Химик».
Этот успех позволил «Выбору-Курбатово» принять участие в финальных соревнованиях первенства России среди команд третьего дивизиона, который проходил в Сочи. На черноморском побережье клуб из Воронежской области сумел всех удивить. На смотре лучших любительских команд страны сильнейшая команда МОА «Черноземье», поочередно обыграв ФК «Сочи» (1:0), «Росич» из города Московский (2:1), ставропольское «Динамо-УОР» (4:1) и санкт-петербургский «Питер» (4:1), завоевала чемпионский титул. Через несколько дней после возвращения «Выбора-Курбатово» из Сочи в родные пенаты прошло совещание руководящего штаба клуба, на котором было принято решение о выходе на профессиональный уровень. 19 ноября 2013 года самобытный коллектив из Воронежской области получил новый вектор своего развития, направленный на получение статуса команды мастеров.
В январе 2014 года делегация «Выбора-Курбатово» побывала в офисе Профессиональной футбольной лиги, заявив о своих намерениях выйти в сезоне-2014/15 на старт соревнований зоны «Центр» второго дивизиона. С этого момента началась работа по подготовке пакета финансово-юридических документов, необходимых для получения профессиональной лицензии, дающей право участвовать в соревнованиях, проводимых под эгидой ПФЛ. В установленный срок все требуемые аттестационной комиссией Лиги бумаги были отправлены в Москву.
Знаковой датой в истории коллектива стало 13 мая 2014 года, когда в офис ПФЛ для прохождения процедуры лицензирования прибыли руководители «Выбора-Курбатово» — президент клуба Александр Цыбань, генеральный директор Валерий Анохин и начальник команды Роман Плотников. После подробного изучения присланных ранее документов Аттестационная комиссия ПФЛ единогласно приняла решение дать добро дружине из Воронежской области дебютировать на профессиональном уровне. Курбатовская команда добилась бурного прогресса после того, как ее под опеку взяла строительная организация «Выбор», которую возглавляет известный воронежский бизнесмен Александр Цыбань, занимающий ныне пост президента футбольного клуба. Попав под крыло сильной компании, коллектив стал покорять одну высоту за другой, систематически пополняя свою богатую коллекцию трофеев новыми экспонатами.
Последние успехи «Выбора-Курбатово» напрямую связаны с именем приступившего к работе в клубе на посту главного тренера в начале 2013 года Радика Ямлиханова, помощниками которого являются Александр Бескровный, Александр Черкес и Алексей Дрожжин, отвечающий за работу с вратарями.