Основан в 1934 году. Выступал в Высшей украинской лиге с 1996/1997 по 2001/2002 (первый круг чемпионата). В декабре 2001 года на базе первой команды ЦСКА был создан клуб «Арсенал» Киев, а на базе второй команды воссоздан клуб под старым названием. В последние годы ЦСКА выступал во второй лиге. В сентябре 2009 года команда прекратила выступление во второй лиге.
Команда основана в 1934 году в Харькове под названием УВО (Украинский военный округ). До июля 1934 команда представляла Харьков, а потом переехала в Киев и получила название УДКА (Украинский Дом Красной Армии). До 1960 года команда много раз меняла названия: ДО (Дом офицеров), ОДО (Окружной дом офицеров), ОСК (Окружной спортивный клуб), СКВО (Спортивный клуб военного округа). С 1960 года команда называлась СКА (Спортивный клуб армии), за исключением 1972—1976 гг., когда команда представляла Чернигов. В августе 1976 года команда вернула старое название СКА (Киев) и отныне представляла Киевский военный округ.
В советские времена команда выступала в основном во второй советской лиге.
Весной 1992 года СКА стартовал в первой лиге чемпионата Украины и опустился во вторую. В сезоне 1992/93 эта команда под названием ЦСК ВСУ (Центральный спортивный клуб Вооружённых сил Украины) выступала во второй лиге и покинула и её.
В начале 90-х годов XX века существовали ещё две команды, которые приняли участие в истории клуба — «Борисфен» (Борисполь) и «Нива» (Мироновка). В чемпионате 1992/93 гг. «Нива» стартовала во второй лиге. В 1993 году «Нива» и «Борисфен» объединились в команду «Нива-Борисфен», которую в 1994 году переименовали в ФК «Борисполь». Чемпионат 1992/93 гг. объединённая команда завершила на 4-ом месте.
В сезоне 1993/94 гг. ФК «Борисполь» завоевал путёвку в первую лигу. ЦСК ВСУ вследствие реорганизации второй лиги и изменения количества её участников продолжил выступать в ней, занимая места в середине турнирной таблицы. «Нива» (Мироновка) также возродилась как отдельная команда во второй лиге.
В середине сезона 1994/95 гг. на базе бориспольской команды при участии Министерства обороны и коммерческих структур был создан клуб «ЦСКА-Борисфен» (Борисполь), который сразу же завоевал путёвку в высшую лигу. При этом армия сохранила и свою собственную команду в третьей лиге, которая успешно вышла во вторую. Вместе с ней во вторую лигу вышла и «Нива», которая в середине следующего сезона изменила название на «Нива-Космос».
В начале сезона 1995/96 гг. «ЦСКА-Борисфен» переехал в Киев. ЦСКА и «Нива-Космос» выступали во второй лиге, ЦСКА вышел в первую.
В 1996/97 гг. произошёл раскол в клубе «ЦСКА-Борисфен», армия хотела иметь собственный клуб высшей лиги. Клуб переименовали в ЦСКА. При этом команда, которая вышла из второй лиги в первую, стала называться ЦСКА-2. Бориспольские совладельцы клуба остались ни с чем и возродили свою команду в любительской лиге. В этом же сезоне прекратила существование «Нива-Космос». В следующем сезоне «Борисфен» вышел во вторую лигу.
В декабре 2001 года киевская городская администрация и Министерство обороны приняли решение создать совместную команду «Арсенал» (Киев), которую сформировали на базе первой команды клуба. Вторая команда (ЦСКА-2) была переименована в ЦСКА Киев.
В чемпионате 2007/2008 гг. клуб выступал в первой лиге. По результатам сезона клуб занял 19-е место и опустился во вторую лигу. После 4-го тура чемпионата второй лиги сезона 2009/10 стало известно, что клуб ЦСКА снимается с турнира. Результаты его матчей аннулированы.