«Пахтакор» свой первый матч в чемпионате провел 8 апреля 1956 года с командой города Молотова (сейчас город Пермь). Этот день считается днём основания клуба.
В 1959 году команда была включена в Высшую Лигу чемпионата СССР. Самым ярким футболистом «Пахтакора» в 1950-60-е годы был нападающий Геннадий Красницкий
В 1962 году команда заняла почётное 6-е место в чемпионате СССР, но развить успех не удалось и уже в следующем сезоне клуб покинул элитарный дивизион. В 1964 году «Пахтакор» под руководством Александра Абрамова добился возвращения в Высшую Лигу.
В 1968 году клуб впервые в своей истории пробился в финал Кубка СССР, где уступил московскому «Торпедо».
В 1971 году «Пахтакор» вновь вылетел в Первую Лигу. И опять во втором эшелоне советского футбола клуб надолго не задержался, поскольку Первая Лига следующего сезона была клубом довольно легко выиграна.
В конце 1970-х годов в «Пахтакоре» подобралась очень перспективная команда, но в 1979 году случилась трагедия — команда разбилась в авиакатастрофе.
Клуб «Пахтакор» из-за этой трагедии в 1979 году и нескольких последующих чемпионатах был усилен добровольцами из других клубов. Кроме того, в регламент чемпионата СССР по футболу была внесена статья, по которой в течение 3 лет, независимо от результатов, «Пахтакор» сохранял место в высшей лиге советского футбола, что не лучшим образом сказалось на её результативности.
В советское время выражение «Пахтакор — чемпион» в 1980-х стало едва ли не синонимом поговорки «когда рак на горе свистнет» и нашло отражение в выпуске киножурнала «Ералаш» о юных болельщиках (Выпуск 30, третий сюжет «Футбольное обозрение», 1982), хотя с точки зрения этики такой сюжет неприемлем.
Достижения
* Чемпион Узбекистана, 8 раз: 1992, 1998, 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 * Вице-чемпион Узбекистана: 1993, 2001, 2008 * Обладатель Кубка Узбекистана, 10 раз: 1993, 1997, 2000/01, 2001/02, 2002/2003, 2004, 05, 2006, 2007, 2009 * Финалист кубка Узбекистана: 1996, 2008 * Победитель турнира дублирующих составов клубов высшей лиги: 2002, 2003, 2004, 2005, 2006 * Полуфиналист Лиги чемпионов АФК: 2002/03, 04. * Финалист кубка СССР: 1968 * Обладатель Кубка чемпионов Содружества: 2007 * Финалист Кубка чемпионов Содружества: 2008
История трагедии
11 августа 1979 года в небе над украинским городом Днепродзержинском столкнулись два Ту-134А. Один выполнял рейс Ташкент — Минск. На его борту находились 83 человека, в том числе 17 футболистов команды «Пахтакор». Второй следовал по маршруту Челябинск — Воронеж — Кишинёв. На его борту находились 89 пассажиров и 6 членов экипажа.
В тот день в Харьковском центре управления дежурили 6 диспетчеров. На более напряженный сектор старший смены Сергеев посадил молодого Николая Жуковского, контролировать его работу поручил Владимиру Сумскому, хотя по инструкции это мог делать лишь сам Сергеев.
Ситуация осложнялась тем, что в тот день собирался лететь к отдыхавшему в Крыму Леониду Брежневу его друг и «правая рука» Константин Черненко, для которого с утра держали открытым один из трех воздушных коридоров. На маневр остальным самолетам оставалось только два[1].
Самолёты шли наперерез друг другу под углом 90° на высоте 8400 м в облаках. Жуковский ошибочно посчитал, что оба самолёта разойдутся. Опасность заметил Владимир Сумской. Он дал команду белорусскому экипажу набрать высоту 9600 метров. В эфире прозвучало: «Понял…» (позывные прозвучали неразборчиво). Сумской был уверен, что ответили минчане, и команда выполняется. На самом же деле эти слова принадлежали экипажу другого самолёта, Ил-62, летевшего навстречу, в Ташкент. Через 1 минуту 5 секунд два самолёта столкнулись. Первым про катастрофу доложил командир Ан-2, находившегося в том районе: «В районе Куриловки наблюдаю падение частей самолёта. По-моему, Ту-134».
Два лайнера столкнулись на высоте 8400 м под углом в 135°. Через 9 месяцев состоялся суд над виновными. На скамье подсудимых оказались диспетчеры Жуковский и Сумской. Каждого приговорили к 15 годам в колонии общего режима. Старшего смены Сергеева, а также руководителей более высокого ранга, на суде не было даже в качестве свидетелей.
Практически все погибшие члены футбольной команды «Пахтакор» были похоронены в Ташкенте на Боткинском кладбище города, где им поставлен памятник.
Клуб «Пахтакор» из-за этой трагедии в 1979 году и нескольких последующих чемпионатах был усилен добровольцами из других клубов. Кроме того, в регламент чемпионата СССР по футболу была внесена статья, по которой в течение 3 лет, независимо от результатов, «Пахтакор» сохранял место в высшей лиге советского футбола.
Список погибших членов команды
* Равиль Рустамович Агишев * Михаил Иванович Ан * Олим Масалиевич Аширов * Сирожиддин Ахмедович Базаров * Константин Александрович Баканов * Юрий Тимофеевич Загуменных * Шухрат Мусинович Ишбутаев * Александр Иванович Корченов * Николай Борисович Куликов * Владимир Васильевич Макаров * Сергей Константинович Покатилов * Владимир Валиевич Сабиров * Идгай Борисович Тазетдинов * Мансур Инамджанович Талибджанов * Владимир Иванович Фёдоров * Владимир Васильевич Чумаков * Виктор Николаевич Чуркин
Михаил Ан похоронен в колхозе «Политотдел» под Ташкентом, Загуменных отвезли в Ленинград, Куликов похоронен на малой родине родителей в селе Кривское, расположенном под городом Обнинск, Калужской области.