Наш клуб был основан в 1922 году, когда в прошедших в июле - сентябре в Петрограде Арморских играх приняла участие команда Государственного политического управления. В составе этой команды выступал Л.Ф.Дмитриев - один из лучших футболистов Петроградского военного округа, в дальнейшем организатор ленинградской команды "Динамо".
С 1924 года клуб выступает под названием "Динамо" (Ленинград). В 1925 году команда приняла участие в весеннем первенстве города, а с 1926 года стала неизменным участником Первенства Ленинграда. В сезонах 1926, 1927, 1930, 1931, 1933, 1935 годов "Динамо" становилось чемпионом города. В 1929 году был открыт стадион "Динамо".
22 мая 1936 года клуб принимал в первом матче чемпионатов СССР московский "Локомотив", одержав свою первую победу со счётом 3:1. Первые чемпионаты страны успеха не принесли. Лучшие силы города оказались раздробленными, но традиции ленинградского футбола не были утрачены. Техничная и тактически содержательная игра динамовцев пользовалась большой популярностью во всей стране. В коллективе прочно сохранялась преемственность стиля взглядов на футбол.
Первого значительного успеха в чемпионате страны ленинградские футболисты добились в 1940 году. Динамовцы вошли в пятерку лучших. 27 апреля 1941 года "Динамо" начало игры очередного первенства СССР. Десятому туру розыгрыша суждено было стать последним - началась Великая Отечественная война.
После отмены чемпионата игроки ленинградских клубов отправились защищать страну. О футболе пришлось забыть до весны 1942 года. В мае 1942-го, после вызова в горком партии, довоенные капитаны "Динамо" и "Зенита" - В. Фёдоров и А. Зябликов - начали собирать своих старых товарищей, тех, кто ещё остался в городе или воевал под Ленинградом. И вот, после почти годового перерыва на стадионе "Динамо" собрались игроки прославленной команды.
Первым футбольным блокадным матчем стала игра между "Динамо" и командой Балтийского флотского экипажа майора А.Лобанова, состоявшаяся 6 мая 1942 года. На следующий матч между "Динамо" и "командой Н-ского завода" (такое название взяли рабочие ЛМЗ), состоявшийся 31 мая, были заявлены почти все, но не всем было суждено сыграть. Бывшие игроки, а на то время солдаты и люди, служившие в городе в милиции, на заводах и на "Дороге жизни", были измождены физически и морально. Футболисты держались изо всех сил, чтобы поднять дух ленинградцев и соотечественников, устрашить врага и показать ему, что Ленинград ещё жив и не собирается сдаваться…
По свидетельству Валентина Федорова, победили те, у кого была больше пайка хлеба по карточке. С поля уходили, обнявшись, поддерживая друг друга. Тем не менее, успеху "Динамо" радовались все одинаково, поскольку понимали, что "эта победа одна на всех: над собой, над страхом, над отчаянием. Над лютой, беспощадной зимой 1942 года, выкосившей Ленинград, но не сломившей живых. Не убившей в живых главное — стремление жить». Матчи в осаждённом городе стали регулярными.
После войны "Динамо" ещё трижды финишировало на пятом месте в чемпионате СССР - в 1945, 1946 и 1952 гг. В дальнейшем эти достижения превзойти так и не удалось. После смены руководства страны в 1953 году динамовские коллективы в стране начали исчезать. Так получилось и с ленинградским "Динамо", на базе которого в 1954 году была создана новая команда "Трудовые резервы".
В 1960 году ленинградское "Динамо" снова появляется на футбольной карте Советского Союза. Сезоны 1962 и 1963 гг. клуб вновь проводит в числе сильнейших команд СССР, но неудачно - в 1963 году клуб покидает первую группу класса А. Спустя девять лет, в 1972 году "Динамо" опустилось ещё ниже - во вторую союзную лигу. Ненадолго - на четыре сезона, но закрепиться в первой лиге, после возвращения в 1977 году, клубу не удалось - динамовцы боролись за выживание и в 1979 году уже окончательно распрощались с первой лигой СССР.
С распадом Советского Союза "Динамо" в 1992 году получило место в российской первой лиге, которая в тот год была разделена на три зоны. Увы, наш коллектив занял предпоследнее место и в очередной раз пережил понижение в классе. Локального успеха команда добилась в 1998 году, когда команда добралась до 1/16 финала Кубка России. На стадионе имени Кирова в присутствии 10 000 зрителей динамовцы лишь в дополнительное время уступили "Алании", которая ещё три года назад становилась чемпионом России.
В 1999 году клуб потерял профессиональный статус. В 2000 году "Динамо" заявилось в Первенство КФК, где заняло второе место, попутно выиграв Кубок Северо-Запада. В 2001 году динамовцы под руководством Сергея Ломакина "катком" прошлись по зоне «Запад» второго дивизиона, получив право на участие в стыковых матчах за право на повышение в классе с липецким "Металлургом" - победителем зоны "Центр". Первый матч, собравший на стадионе имени Кирова 12 000 зрителей, завершился тяжёлой победой "бело-голубых" со счётом 2:0. В ответном матче команда отстояла необходимый результат и, спустя десять лет, вернулась в первый дивизион.
Сезоны 2002 и 2003 заслуженно считаются лучшими на данный момент для "Динамо" в российской истории. Команда, в которой блистали такие футболисты, как Александр Панов, Андрей Кондрашов, Андрей Лаврик, Роман Орещук, находилась в числе лидеров первого дивизиона и в течение обоих сезонов боролась за выход в Премьер-лигу. В 2002 году "Динамо СПб" в 1/16 финала Кубка России выбило из розыгрыша трофея действующего обладателя Кубка - московский ЦСКА, забив первый «золотой» гол в истории российского футбола.
С 2004 по 2006 год "Динамо" снова исчезло из футбольной жизни. В 2007 году команда с таким названием снова появилась в Санкт-Петербурге. Как в 1954 году на базе "Динамо" появились "Трудовые резервы", так и в 2007 году "Динамо" появилось на базе футбольного клуба "Петротрест". Единственного значимого успеха та команда добилась в 2009 году, когда под руководством Эдуарда Малофеева выиграла турнир второго дивизиона.
Сезоны 2013/2014 и 2014/2015 петербургские динамовцы провели в Первенстве ФНЛ, не снискав там заметных успехов, а в июне 2015 года из-за банкротства генерального спонсора, прежний коллектив был расформирован.
В конце июня 2015 года "Динамо" уже с новыми учредителями и спонсорами было допущено к участию во втором дивизионе.
Первый сезон обновлённой команды получился непростым - собравшись в полном составе лишь за несколько дней до старта Первенства, динамовцы откровенно "провалили" первый круг, оказавшись в подвале турнирной таблицы по итогам первой части сезона. Но весной 2016 года, благодаря качественной подготовке зимой и точечной селекции, "Динамо-СПб" выправило свои показатели, едва не став лучшей командой в зоне "Запад" по результатам матчей второго этапа Первенства. Итоговое место команды - седьмое, ровно в середине таблицы, стало следствием двух совершенно разных частей одного сезона.
Сезон 2016-2017 гг. стал логичным продолжением весны 2016 года - "Динамо-СПб" с первого же тура вышло в единоличные лидеры турнирной таблицы и уверенно провело сезон, гарантировав себе возвращение в ФНЛ за два тура до окончания Первенства. Зимой клуб также впервые принял участие в предсезонном турнире - Кубке ФНЛ, где занял предпоследнее место. Благодаря повышению команды в классе, руководство "Динамо-СПб" приняло решение заявить на следующий сезон в ПФЛ свой фарм-клуб, составленный из молодых воспитанников петербургского футбола. Год 95-летия клуба начался весьма успешно!
В сезоне - 2017-2018 (ФНЛ) "Динамо" (Санкт-Петербург) занимает 2 место, набрав 6 очков в 2 встречах (+2=0-0), мячи - 3:1.
Генеральный директор ФК "Динамо" (Санкт-Петербург) - Дмитрий Рубашко
Главный тренер ФК "Динамо" (Санкт-Петербург) - Александр Точилин
